În timpul ocupaţiei horthyste a rămas în Cluj, asigurând împreună cu episcopul Nicolae Colan un nucleu de rezistenţă românească şi ortodoxă. Cu toate împotrivirile autorităţilor comuniste de după 1948, episcopul Nicolae Colan l-a menţinut pe profesorul Galaction la conducerea noului institut teologic, până la desfiinţarea din 1952. Încercările sale de a-i forma pe studenţii teologi pentru a putea răspunde la greutăţile impuse de autorităţile statului au atras atenţia organelor de Securitate care îl urmăreau permanent, arestându-l în 1952 şi supunându-l la presiuni pentru a-şi înceta activitatea. A fost repartizat la o parohie din Bistriţa, de această dată aplecându-se asupra catehizării copiilor.

La 6 iunie 1958, preotul Galaction Munteanu a fost numit vicar administrativ, la cererea noului episcop Teofil Herineanu, care avea un proiect de relansare a catehizării în eparhia Clujului. Părintele Galaction a întocmit o programă pentru catehizarea copiilor şi adulţilor, pentru care a obţinut aprobarea Permanenţei eparhiale şi fiind difuzată la preoţii din Episcopie.

Entuziasmul manifestat de unii preoţi a alertat Securitatea care a blocat întreaga acţiune, iar preotul Galaction a fost arestat. Urmarea a fost tragică: părintele Galaction, anchetat cu mare cruzime de Securitate, a fost trimis în justiţie, la 6 mai 1959 fiind condamnat la opt ani închisoare corecţională, încadrarea juridică fiind „uneltire contra ordinii sociale“. Aflat în penitenciarul Aiud, la 8 martie 1961, părintele Liviu Galaction Munteanu trecea la cele veşnice, urmare a tratamentului inuman la care fusese supus.